Pesantren MBS memang bukan Pesantren Khusus Tahfidzul Quran, tapi bukan berarti di MBS santri tidak menghafal Quran.
Di MBS Hafalan Quran menjadi menu Wajib bagi santri setiap paginya. Programnya dirancang sebagai berikut :
Kelas 7 SMP belum Wajib Setoran, santri baru ini masuk dalam program Tahsinul Quran dalam rangka memperbaiki Bacaan Quran terlebih dulu. Maklum karena tidak semua santri baru berasal dari SD Islam. Sebagian dari SD yg tidak maksimal membekali bacan Quran.
1. Program Reguler :
Kelas 8 : Juz 29 (plus terjemah)
Kelas 9 : Juz 30 (plus terjemah)
Kelas 10 : Juz 1 (plus terjemah)
Kelas 11 : Juz 2 (plus terjemah)
Kelas 12 : Juz 3 (plus terjemah)
Santri menyetorkan hafalan setiap pagi selepas subuh kepada para pengampu Tahfidz. Setor bukan hanya bacaan Quran tapi juga terjemahannya.
Program ini wajib bagi semua santri, dan akan di ujikan setiap Tahun. Di Kelas akhir kembali mereka akan diuji hafalan 5 Juz dalam Karantina Khusus. Kesimpulan Program Reguler santri hafal 5 Juz dengan terjemahnya.
2. Program Khusus :
Ini program khusus yang menampung para santri yang sudah punya bekal tahfidz lebih dari sekolah lamanya. Mereka akan dipisah dan wajib setor hafalan melebihi target hafalan reguler.
Yang sudah berjalan diantara mereka mampu menghafal hingga 10, 20 bahkan 30 Juz sampai akhir tahun.